妊娠第10週以内に薬による中絶が実施された場合、合併症の危険性はごく僅かです。このリスクは、女性が流産する際に合併症リスクと同じです。医師は容易に合併症に対処できます。薬による中絶を行う100人の女性のうち2、３人は治療を受けるために医師や救急治療センターや病院に行かなければなりません。

　可能性として次のような合併症や症状や処置があります。

大量の出血（薬による中絶の1％未満の発生率）

　症状：2時間以上継続し、一時間で2枚以上の大型生理用ナプキンを浸す出血。めまいは多量の出血のためかもしれません。その場合、健康をおびやかすものですので、医師による治療が必要です。　　

　治療：真空吸引（掻爬）非常に稀ですが（0.2％未満）、輸血が必要な場合があります。

不完全な中絶

　症状：大量あるいは持続的な出血および/または長引く激痛。

　治療：真空吸引（掻爬）

感染症

　症状：24時間以上継続する発熱（38度以上）があるか、または39度以上の発熱がある場合は、治療を必要とする感染症の疑いがあります。

　治療：抗生物質および/または真空吸引。

　合併症があるかもしれないと思う場合には、すぐに医師のもとに行かなければなりません。中絶が違法で、信頼できる医師がいない場所（国）に住んでいる場合でも、医療を利用することは可能です。医療スタッフに中絶をしようとしたことを伝える必要はありません。スタッフには自然流産をしたと伝えばよいです。医師はあらゆる場合において助ける義務がありますし、自然流産に対処する方法を知っています。

　自然流産による合併症と薬による中絶の合併症は、症状はまったく同じなので、錠剤が完全に溶けてさえすれば、医師は中絶の証拠を見つけたり、検査したりすることはできません。錠剤を膣内に投与した場合、指で錠剤が溶けていることを確認する必要があります。錠剤の痕跡は膣内に挿入してから4日間まで発見されることがあります。もちろん、中絶RU486を飲むえ使用場合はこの心配いりません。

　妊娠が継続してしまう女性の割合は1％以下です。妊娠が継続しているかどうかは3週間後に妊娠検査を行うか、10日後に超音波検査を行うことにより判定可能です。薬による中絶がうまく行かなかった場合、手足の奇形や胎児の神経に問題を起こしてしまうリスクがわずかに増加します。妊娠の継続に対処するためには、薬による中絶か、中絶手術を再度行う必要があります。

　薬による中絶がうまくいく女性の数に比較すると、薬による中絶で深刻な合併症が起こる数はとても少ないことを研究が示しています。掻爬（真空吸引）などの外科手術が必要となる稀なケースでは、流産をした女性を治療するのと同じ医療設備で対処することが可能です。

（治療には、妊娠継続の場合、あるいは不完全な中絶の場合に行われる真空吸引が含まれます。）